"Kenshin Himura est un modeste vagabond qui erre de ville en ville sans réel objectif. Un vagabond parmi tant d'autres... Et pourtant, il y a de cela quelques années Kenshin avait un but dans sa vie...
A cette époque, la guerre faisait rage au Japon entre deux camps. D'un côté des conservateurs luttant pour le maintien de l'empereur, le clan des Shinsengumi : des fidèles de l'ère Edo. De l'autre, le camp de Kenshin, celui des révolutionnaires combattant pour la république et l'ouverture du Japon sur le monde. En ce temps, Kenshin était alors appelé Battosaï l'assassin. Sa dextérité au sabre et son courage avaient alors fait de lui l'un des principaux acteurs de la nouvelle ère Meiji.
Après ces années de souffrance, on retrouve donc Kenshin seulement désireux de vivre en paix, de protéger les innocents et d'expier ses crimes passés. En chemin, il fait la connaissance de la jeune et belle Kaoru, maîtresse de dojo qui lutte pour retrouver l'honneur de sa famille en arrêtant un assassin se faisant appeler Battosaï. Kenshin se sentant coupable de son malheur lui viendra en secours et restera avec elle au dojo.
Au fur et à mesure, de nouveaux compagnons se présenteront alors mais surtout, Kenshin devra lutter contre son passé quand d'anciennes figures viendront mettre en danger la vie de ses nouveaux proches..."